William Penn lahir di London pada tahun 1644. Dia tumbuh di kota itu dan di Irlandia. Hidupnya dipenuhi kemudahan karena dia adalah putra sulung Laksamana Sir William Penn, yang berhasil merebut Jamaika dari pihak Belanda pada tahun 1655. Walaupun dia adalah seorang yang sangat sekuler pada masa mudanya, dia berubah menjadi seorang Quaker pada tahun 1666, saat kuliah di Oxford -- keputusan ini ditentang oleh ayahnya. Pada tahun 1668, Penn ditangkap karena menulis sebuah traktat yang menyerang doktrin Gereja Inggris. Saat berada di dalam penjara pada tahun 1669, dia menulis sebuah buku kebaktian klasik berjudul No Cross, No Crown (Tidak Ada Salib, Tidak Ada Mahkota). Walaupun Sir William Penn merasa kecewa terhadap anaknya, sang laksamana akhirnya dapat mengatur pembebasan William dari penjara.