Joseph Lister lahir di Upton, Essex, Inggris, pada tanggal 5 April 1827 sebagai anak kedua dari tiga bersaudara. Ayahnya adalah Joseph Jackson Lister, seorang pengusaha anggur yang sukses dan ilmuwan amatir. Keluarga Lister adalah anggota jemaat Quaker. Joseph masuk sekolah Quaker di Hertfordshire dan London. Ia meneruskan pendidikannya sampai mendapat gelar BA dari Universitas London pada tahun 1847. Ia lulus sebagai sarjana muda bidang kedokteran pada tahun 1850 dan mulai bekerja sebagai ahli bedah.