Arminius mungkin tidak pernah merasa damai dalam hidupnya. Dia lahir di sebuah kota di Belanda bernama Oudewater pada tahun yang sama saat ayahnya meninggal. Ibu dan saudara-saudaranya juga meninggal lima belas tahun kemudian saat tentara Spanyol membantai penduduk kota itu.

Arminius yang dibesarkan dan dibiayai kerabatnya, belajar di Universitas Leiden. Di sana, dia dianggap menonjol dalam bidang teologi. Namun, majelis gereja menganggap anak muda berusia 21 tahun itu terlalu muda untuk menjadi pendeta.